Environment Installation

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环境安装方式 + 目录树位置

安装目录树结构

|- /opt/
    |- openmpi/
        |- 4.0
        |- 3.1
        |- ...
    |- mpich/
    |- intel/    # Intel 全家福
    |- blas/
    |- gcc/
    |- cuda/     # Nvidia CUDA
    |- pgi/      # CUDA PGi Edition
    |- netcdf/
        |- netcdf-c/
        |- netcdf-fort/
    |- pnetcdf

编译安装基本六连：

$ wget [SOURCE_URL] $ tar zxvf openmpi-4.0.0.tar.gz $ cd openmpi-4.0.0/ $ ./configure --prefix=‘/opt/mpi/openmpi/4.0’ # 注意规划好位置 $ make -j8 $ make install

包管理系统

spack Environment Modules 二选一， spack 基本上就是对系统级的modules的高层API，从ASC20开始，我们开始使用spack。为保证目录树nfs共享结构，把spack 放在/opt 目录下。

$ git clone https://github.com/spack/spack.git $ cd spack/bin $ ./spack install libelf # test $ echo "export PATH=$PATH:/opt/spack/bin" >> ~/.bashrc $ echo ". /opt/spack/share/spack/setup-env.sh" >> ~/.bashrc $ bash

依赖以及版本spec

$ spack install intel^gcc@9

在测试时使用

$ spack load intel^gcc@9 也可以module avail 后查看需要load 的环境module load intel

添加新的编译器，在自己编译安装好一个编译器并在PATH中可以找到的时候，可以使用spack find命令，之后就可以用这个编译器@intel来编译新的编译器了。

特殊注意，在编译安装mpi,omp过程中一定要开启 --with-rdma 选项以支持Infiniband.

编译器

gcc (包含 gfortran) - Version 7.4 + 5.5 + 4.9.4 + 4.4.7
- CentOS 自带的gcc版本过老，可以使用 scl enable devtoolset-9 bash以支持最新gcc特性。
- 7.4：gcc-7.4.0.tar.gz
- 5.5：gcc-5.5.0.tar.gz
- 4.4.7：gcc-4.4.7.tar.gz
icc & ifort：包含于 Intel Parallel Studio XE 中

Intel Parallel Studio XE 全家桶

Parallel Studio XE：按照 This Procedure 获取和安装，19-20 授权如下

序列号 S4ZD-MMZJXJ96 (若失效，可以前往英特尔官网申请，在下方register center，若为spack 安装只需在安装过程中输入即可)
URL：parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition.tgz
LICENSE：官网 Registration Center 下载后传至 Server

icc ifort mkl IntelMPI 均包含于 Parallel Studio XE 中 spack install intel

由于cuda只支持编译它的编译器头文件在gcc-7标准以前，所以建议使用intel@18.0.3

MPI

OpenMPI - Version 4.0 + 3.1 + 3.0 + 2.1
- 4.0：openmpi-4.0.0.tar.gz
- 3.1：openmpi-3.1.3.tar.gz
- 3.0：openmpi-3.0.3.tar.gz
- 2.1：openmpi-2.1.6.tar.gz
MPICH - Version 3.3 + 3.2.1
- 3.3：mpich-3.3.tar.gz
- 3.2.1：mpich-3.2.1.tar.gz
IntelMPI：包含于 Intel Parallel Studio XE 中

Nvidia CUDA

CUDA Toolkit：spack install cuda@10.2 以支持不同版本。
PGi Edition：spack install pgi@19.10

Math Libraries

MKL：包含于 Intel Parallel Studio XE 中
OpenBLAS：spack install openblas

NetCDF I/O

用于ASC19 的IO500题目中。

GeekPie_HPC Wiki